意外懷孕
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體內射精最主要的不安全性來自於意外懷孕以及接續所造成的的墮胎問題，不過使用性交中斷法避免體內射精也還是有相當高的意外懷孕風險。安全期計算也是一種科學的避孕方法，在女性月經週期保持規律、穩定的前提下於安全期發生體內射精並不會懷孕。但由於女性的月經週期會隨生活外在環境與內在心理因素影響而變動，因此實際生活中，以安全期計算來避免懷孕仍有相當高的意外懷孕風險。避免體內射精造成懷孕的較佳方法為服用事前或事後避孕藥，但可能會造成女性性激素、月經週期失調或是不孕，大部分說法認為事前避孕藥的副作用與負面影響較事後避孕藥相對要少。
性病傳染
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體內射精被認為是一種缺乏保護、不安全的性行為，並會增加感染性傳播疾病的風險，尤其經由肛門性交的性病風險更顯著增加，例如2004年被公開的個案，新進色情女演員Lara Roxx是被查出在與男演員Darren James在被拍攝肛交時多重感染，包括人類免疫缺陷病毒[3]。而该位男演员则被查出在一次前往巴西旅程中与另一女人在缺乏保护下肛交时感染该病毒，雖然回程之後檢驗結果呈陰性反應，但直到確定染病而停演色情片時，曾與他工作的十三位女演員已有三位被他傳染[3]。
2012年，美國加州公投通過「成人電影業較安全性行為法案」B號提案（簡稱AB-332法案）擬禁止內射，但洛杉磯政府2013年5月24日選擇將此提案暫時擱置。前色情演員潔西（Jessie Rogers）自拍一段名為「我有性病」的短片呼籲政府與民眾重視安全性行為，並接受媒體採訪，揭露「成人影片界（幾乎人人都有皰疹等性病）真相」，工作環境有如性病大染缸[4]。
不過其實多數的性傳染病在無套性交的狀況下即會傳染，體內射精由於相對更長的性器官接觸時間、更多的體液交換量而較體外排精有更高的性病感染機率，但體內射精並不是性病是否傳染的決定因子。